Весьма не дурно сделано на сайте Клопотова - у него аналогичное деление по регионам: центральная Россия, Урал, Сибирь, Дальний восток и т.д., а внутри каждого региона можно выбрать область, как, например, по Уралу: Свердловская, Челябинская.
Что-то аналогичное и должно быть - это логичное и есстественное деление, легко найти тот регион, который тебя интересует, просто в ознакомлении.
Опять же, приведу пример построения сайта Клопотова по отдельной области, например, Челябинской. В ней указаны (к сожалению не на карте, а это недостаток, что и стоит восполнить) все значимые и известные копи: Ахматовская, Зеленцовская, Жуковская и т.д...
Пожалуй, вот по этому образу и подобию и стоит сделать некий "классификатор" страны: регионы -> области -> копи и месторождения (места находок), причем последние указаны на карте (можно и на общей карте области, хотя так все в точках пестреть будет) или участках карт, фотографии образцов от туда, описание места, координаты места (у кого есть такая возможность - зафиксировать координату GPS приемником), время находки, состояние места на текущий день (мало ли? может быть уже все выбрали?), автор находки... ну и может быть какие-либо дополнительные сведения (снимки).