Ну, я бы не сказал, что у гекса- и клинопирротина была бы такая уж разная структура. Структура у них обоих практически та же самая. Отличие лежит в параметрах их элементарных ячеек - у гекса- ячейка ортогональная (прямая ромбическая призма (1/3 от гексагональной призмы) с прямыми углами у основания), а у клино- ячейка практически та же самая но скошенная, то есть угол её стенок не прямой, а меньше (из трёх таких призм уже нельзя склеить гексагональную ячейку). Например не 90о, а 89.7о. Эта разница в 0.3о и называется углом моноклинности. Так вот у большинства клинопирротинов он не превышает 0.5о. Этого вполне достаточно чтобы полностью изуродовать картину дифракции электронов от атомных слоёв структуры (иными словами дифрактограмму), но категорически не достаточно, чтобы как то существенно повлиять на большинство физических свойств.
Вот у рутила, анатаза и брукита структуры реально разные - разное положение/геометрия размещения колонок TiO6 октаэдров из которых строится их структура. Уже выросший кристалл рутила не может "соскочить" в анатаз с понижением температуры как альфа-кварц в бета-кварц. Он может только перекристаллизоваться. То же самое и у кианита-андалузита-силлиманита - первые два из них островные силикаты, а силлиманит вовсе цепочечный.
Насчёт РТ диаграмм. У полей пирита и марказита есть общая граница. Линия вдоль которой они могут совместно существовать при каждом заданном значении Р и Т. Вот вдоль этой линии они и растут совместно - шаг влево пропал пирит, шаг вправо - марказит. Это конечно если система равновесная и фазы не стабилизирует какая то примесь (например мышьяк стабилизирует марказит, расширяет его поле стабильности в области низких Р-Т). То же самое с кальцитом-арагонитом - между их полями стабильности есть протяженная граница. И арагонит стабилизируется примесями крупных катионов - Sr, Pb, Zn.