Общее у кремня, опала и халцедона- состав кремнистый. Кремень собственно порода, агрегат кристалличесого и аморфного кремнезёма с примесью карбонатного в-ва. С опалом неясно по Вики, потому что главного не сказано- микротруктура всё же есть, в виде сфероидов, глобул кремнезёма в различной степени упорядоченных (у благородного порядок выше, что влияет на светопередачу и даёт красоту). С халцедоном всё верно- микрокристаллическая волокнистая, от чего его вязкость и сложность механической обработки. Различен генезис, образование, но это уже другое дело, хотя структура от него. Всё просто.