Конечно, человек жёстко вмешивается в природу, пытаясь понять, как там всё это устроено, удовлетворяя своё любопытство или более практические потребности. И много чего на этом пути познания и потребления "нами" загажено. Такая жизнь ... И понятно, что компромиссов в промышленной добыче не будет.
А коллекционирование образцов это как бы "последствие" научного исследования минералов. Отсюда и понятный набор требований к их сохранности и препарированию, и противоречия - когда с одной стороны и какой-нибудь кристалл хорошо бы представить во всей красе, а с другой стороны и ассоциация имеет значение и ценность.
Обработка - это уже совсем другая история. На мой взгляд, она сразу переводит объект в другую область - прикладного искусства, отрывает его от природы навсегда и окончательно, но создаёт новые впечатления. Тут кому что ...
Но есть же в восточных культурах культы абсолютно недоработанных камней. Выискиваются великолепные природные формы, "обработанные" водой и ветром, очень ассоциативные, им приписывают одухотворённость. Без всякой мистики - просто реальная встреча с абсолютно природным объектом с многовековой историей. В них такая эстетика природы, а может и эзотерика какая (только они уже не объекты исследований), и вот относительно таких камней образцы минералов являются выколками из "земного тела", грубым вмешательством. Т.е. тут тоже кому что - одним познание этого мира с помощью исследований, другим познание себя с помощью, например, медитаций…
Но и промышленная добыча, и научные исследования, и просто эстетика, и покопаться в себе – это всё аспекты нашей жизни. Локально их можно противопоставлять, но глобально это единый комплекс, мы.